سفر به نجف شهيد بلخى به منظور تكميل فراگيرى آموزش‌هاى اسلامى در اوايل سال 1316 ش ، عازم حوزهء علميهء نجف اشرف شد . ايشان پس از زيارت مرقد مطهر مولاى متقيان حضرت على ( ع ) به مدرسهء علميهء آخوند خراسانى كه مركز طلاب و علماى افغانستانى بود ، استقرار يافت . در اين مدرسه بسيارى از علما و طلاب افغانستانى ساكن بودند كه از علامهء بلخى استقبال كردند . شهيد بلخى در مدت كوتاهى با اساتيد و بزرگان و برنامه‌هاى درسى حوزهء علميهء نجف آشنا شد . وى مدتى در كلاس‌هاى درس بزرگانى چون : آيت اللّه شيخ ضياءالدين عراقى ، سيد ابوالحسن اصفهانى ، سيد محمد باقر اصطهباناتى ، شيخ محمد حسين آل كاشف الغطاء ، شيخ محمد حسين غروى كمپانى ، آيت اللّه سيد محسن طباطبائى حكيم شركت نمود . ايشان در حين تحصيل ، سخنرانىهاى كوبنده‌اى نيز داشته است . سفر به حج و كشورهاى اسلامى مرحوم شهيد بلخى در همان سال به حج مشرف شدند ، پس از مراسم عبادى سياسى حج ، از كشورهاى مصر اردن و سوريه بازديد كرده و دوباره به نجف اشرف بازگشتند ، اما پس از ورود به عراق ، فضاى آنجا را خفقان آور تشخيص داده و نيز علما و مراجع حوزهء علميهء نجف به ايشان ياد آور مىشوند كه ماندن در عراق براى ايشان مناسب نيست و او بايد به ايران برود . بنابراين علامهء بلخى مدت زيادى را در نجف نبوده است . ادامهء تحصيل در قم ايشان بعد از ترك حوزهء علميهء نجف اشرف ، وارد قم شده و در اين شهر شروع به تحصيل نمود . هرچند اقامت ايشان در قم طولانى نبود ، اما اتفاق جالبى كه در اين دوره براى ايشان افتاد ، ملاقات او با امام خمينى ( ره ) بود كه براى دومين بار انجام مىگرفت . او با شركت در جلسات خصوصى امام به عمق انديشه‌ها و زواياى